Από την ίδρυσή της μέχρι σήμερα η Σύμπραξη Φορέων Χανίων διαχειρίστηκε διοικητικά και οικονομικά, είτε αυτοτελώς είτε σε συνεργασία με άλλους φορείς τα παρακάτω προγράμματα: